W ramach współpracy Trójmiejskiego Parku Krajobrazowego z Nadleśnictwem Gdańsk na wybranych powierzchniach przeznaczonych do prac rębnych (czyli tak zwanych powierzchniach manipulacyjnych) od 2016 roku prowadzone jest przez pracownika Parku znakowanie drzew do pozostawienia w trakcie prac leśnych. Działania te realizowane są w najcenniejszych (i z reguły najstarszych) wydzieleniach leśnych.
Pod koniec 2015 i 2016 roku przeprowadzono analizę planowanych w kolejnych latach prac rębnych i dokonano wyboru optymalnych (ze względu merytorycznych i logistycznych) obszarów do przeprowadzenia znakowania. W 2016 roku prace przeprowadzono w 41 wydzieleniach leśnych, w których wyznakowano około 190 drzew do pozostawienie do naturalnego rozpadu. Do końca stycznia 2017 roku przeszukano już 14 wydzieleń, w których wyznakowano około 150 drzew.
Wybrane drzewa oznaczane są czerwoną literą „E” jako tak zwane „drzewa ekologiczne”. Do pozostawienia wybierane są drzewa dziuplaste, drzewa z dużymi gniazdami ptaków oraz drzewa stanowiące stanowiska występowania chronionych i rzadkich gatunków flory i bioty porostów.
W ramach współpracy z Nadleśnictwem Gdańsk, w niezbędnych z przyczyn merytorycznych sytuacjach, modyfikowane są również te obszary powierzchni manipulacyjnych, które pozostawione powinny być do naturalnego rozpadu. Zgodnie z Zasadami Hodowli Lasu oraz zarządzeniem nr 11A Dyrektora Generalnego Lasów Państwowych z 11 maja 1999 r. (w sprawie doskonalenia gospodarki leśnej na podstawach ekologicznych) powinny one obejmować około 5% powierzchni manipulacyjnej. W wybranych rejonach Nadleśnictwa Gdańsk obszary do naturalnego rozpadu, pozostawiane w trakcie prac rębnych, powinny obejmować, zgodnie z zarządzeniem nr 17/2015 Nadleśniczego Nadleśnictwa Gdańsk z dnia 2 czerwca 2015 roku (w sprawie prowadzenia gospodarki leśnej w drzewostanach o szczególnych walorach ważnych dla lokalnych społeczności) obszar równy 10% powierzchni manipulacyjnej.
Wybrane, najcenniejsze obszary (bogate w drzewa dziuplaste i stanowiska gniazdowania ptaków) zgłoszone zostały przez Park do tak zwanej listy drzewostanów referencyjnych (czyli takich obszarów, które pozostawiane są bez ingerencji w naturalnym stanie), których wyznaczenie jest obowiązkiem Nadleśnictwa Gdańsk wynikającym z otrzymania certyfikatu FSC (Forest Stewardship Council) zgodnie z Krajowym Standardem Odpowiedzialnej Gospodarki Leśnej (wskaźnik 6.4.1).