Na obszarze Trójmiejskiego Parku Krajobrazowego realizowana jest ochrona czynna siedlisk łąkowych, której celem jest utrzymanie tych antropogenicznych (czyli uwarunkowanych prowadzeniem odpowiedniej gospodarki kośnej lub pastwiskowej) zbiorowisk oraz ich różnorodności florystycznej (np. bogatej flory podlegających ochronie gatunkowej storczyków) oraz faunistycznej (np. chronionych gatunków bezkręgowców, zwłaszcza owadów).
W ramach tych prac corocznie lub w odstępach dwuletnich koszone są łąki w Dolinie Samborowo oraz łąki na obszarach wybranych użytków ekologicznych np. Dolina Czystej Wody, Szuwar Jeziora Wyspowskiego i Wyspowska Łąka. Prowadziliśmy również zabiegi ochrony czynnej łąk na obszarze użytków ekologicznych: "Łąka nad Zagórską Strugą" oraz "Okuniewskie Łąki". Zgodnie ze sztuką prowadzenie tego typu zabiegów ochrony czynnej odpowiednio zostały dobrane terminy oraz technologia wykonania prac, a pozyskana masa roślinna usuwana jest poza obszar koszony.
W ramach ochrony siedlisk legowych ptaków, a zwłaszcza gatunków dziuplaków (czyli ptaków gniazdujących w dziuplach) prowadzone było, do 2019 roku, znakowanie drzew dziuplastych do pozostawienia w trakcie prac rębnych. Tego typu działania zalecane są w Zasadach Hodowli Lasu (dokument branżowy Administracji Lasów Państwowych), Dlatego też w miarę naszych możliwości fizycznych i czasowych oddziały leśne, na których planowane było pozyskanie drewna, były kontrolowane pod kątem wyszukiwania drzew dziuplastych. Były one znakowane czerwoną literą "E" i powinny, zgodnie z umową z Nadleśnictwem Gdańsk, pozostać w trakcie prac rębnych. Zachowanie drzew dziuplastych to podstawowy warunek utrzymania (i zwiększenia) liczebności populacji takich gatunków ptaków (dziuplaków), jak: gołębie siniaki, gągoły, puszczyki, sowy włochatki, muchołówki, pleszki, sikory i wielu innych.
