Najpoważniejszymi zagrożeniami trwałości istnienia Trójmiejskiego Parku Krajobrazowego oraz zachowania jego zasobów przyrodniczych i krajobrazowych są:
Fragmentacja obszaru Parku przez inwestycje o charakterze liniowym, głównie nowe ciągi komunikacyjne (drogi, linie kolejowe, asfaltowane ścieżki rowerowe).
Nadmierne pozyskanie zasobów drewna, prowadzące do zaniku najstarszych drzewostanów, charakteryzujących się największymi wartościami przyrodniczymi.
Nadmierna presja inwestycyjna (głównie budowlana) na obszary bezpośrednio sąsiadujące z Parkiem oraz nieleśne enklawy w granicach Parku, co prowadzi do utraty walorów krajobrazowych Parku oraz niekorzystnych zjawisk związanych z niekontrolowaną penetracją obszaru Parku przez ludzi.
Nadmierna erozja turystyczna, zaśmiecenie terenu, zanieczyszczanie hałasem oraz światłem to zjawiska łatwe do zaobserwowania na obszarach leśnych Parku, graniczących z tak zwanym Dużym (Gdańsk, Sopot, Gdynia) i Małym Trójmiastem (Rumia, Reda, Wejherowo) oraz ciągami komunikacyjnymi przecinającymi Park.