W ramach europejskiej sieci NATURA 2000 utworzono na obszarze Parku trzy obszary. Są to Pełcznica (PLH 220020), Biała (PLH 220016) oraz Bezlist koło Gniewowa (PLH220102).
Obszary te położone są w północnym kompleksie Parku w okolicach Wejherowa i Nowego Dworu Wejherowskiego.
Podmiotem ochrony na obszarze "Pełcznica" są między innymi jeziora lobeliowe z ich specyficzną florą oraz torfowiska wysokie i przejściowe, na obszarze "Biała" przede wszystkim kwaśne i żyzne buczyny oraz zbiorowiska torfowiskowe, zaś na obszarze "Bezlist koło Gniewowa" głównym podmiotem ochrony są kwaśne i żyzne buczyny oraz populacja rzadkiego gatunku mchu -- bezlistu okrywowego (Buxbaumia viridis).
Szczegółowe informacje dotyczące wyżej wymienionych obszarów NATURA 2000 można znaleźć na stronach: