Ochrona ptaków realizowana jest na obszarze Parku na kilka sposobów.
Zgodnie z Rozporządzeniem Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt miejsca rozrodu wybranych gatunków obejmowane są tak zwaną ochroną strefową. Obecnie na obszarze Parku funkcjonują dwie strefy ochronne stanowisk rozrodu bielika.
W celu zwiększenia liczebności rzadziej gniazdujących na terenie Parku gatunków ptaków rozwieszane są, jako zastępcze miejsca gniazdowania, specjalne budki lęgowe. W 2014 roku wywieszono cztery budki lęgowe dla pliszki górskiej, z których dwie lub trzy są wykorzystywane przez ten gatunek corocznie.
Na obszarze Parku rozwieszonych jest obecnie również około 30 budek typu D (duże budki z odpowiednio dużym otworem wlotowym), z których część co roku jest wykorzystywana przez gniazdujące w Parku gągoły, siniaki i puszczyki.
W ramach współpracy z Nadleśnictwem Gdańsk znakowane były również drzewa dziuplaste, których dostępność jest niezbędna do podtrzymania liczebności wielu gatunków dziuplaków, takich jak np.: pleszki, muchołówki, kowaliki czy gołębie siniaki. Drzewa te znakowane są literą „E” i powinny pozostać na powierzchniach, na których planowane są prace rębne.
W 2016 roku zrealizowano projekt "Bezpieczne miejsca lęgowe dla sóweczki i włochatki na terenie Trójmiejskiego Parku Krajobrazowego". Projket ten realizowany był przez Grupę Badawczą Ptaków Wodnych KULING w partnerstwie z Trójmiejskim Parkiem Krajobrazowym i we współpracy z Trójmiejską Grupą Ogólnopolskiego Towarzystwa Ochrony Ptaków. Projekt sfinansowany został przez "Fundusz dla przyrody".
W ramach projektu w wytypowanych obszarach zostało rozwieszonych przeszło 30 specjalnych budek lęgowych dla naszej najmniejszej sowy, czyli sóweczki oraz rzadko gniazdującej w Parku włochatki. Miejsca te zostały wybrane pod kątem odpowiednich siedlisk, jak i planowanych prac leśnych, tak by budki w najbliższych latach nie wchodziły w konflikt z pracą leśników.
Konstrukcja budek ma zapewnić bezpieczne lokum dla ptaków. Zgodnie z opisanymi w literaturze preferencjami sóweczki, długość wlotu w budkach dla tych sów została znacznie wydłużona.
Budki rozwieszone zostały po dwie w niewielkiej odległości od siebie – jedna będzie pełniła (mamy nadzieję) funkcje mieszkalne, czyli miejsce gniazdowania sów a druga funkcję spiżarni dla sowiej rodziny.
Budki są specjalnie maskowane korą, tak żeby nie stanowiły kontrastowego akcentu w środowisku i tym samym nie rzucały się w oczy ani drapieżnikom, ani człowiekowi. Prawdopodobieństwo splądrowania budek przez czworonożne drapieżniki (np. kuny leśne) zostało znacznie zredukowane poprzez montaż na pniach poniżej każdej budki specjalnych szerokich obręczy z blachy, które uniemożliwiają drapieżnikowi wspięcie się po pniu do budki.
Budki zostały rozwieszone na znacznych wysokościach i w miarę możliwości w oddaleniu od dróg leśnych, tak, aby ptaki nie były niepokojone przez ruch turystyczny lub ruch sprzętu leśnego.