Obecnie na obszarze Parku i jego otuliny zostało utworzonych 20 użytków ekologicznych — w tym 13 na obszarze Parku i 7 w otulinie.
W roku 1999 i 2004 w rejonie Gdyni Dąbrowy, w otulinie TPK, między jego dwoma kompleksami, powołano zespół 6 niewielkich użytków ekologicznych. Są to niewielkie zabagnienia w krajobrazie leśno-polnym, w sąsiedztwie terenów zabudowanych.
W styczniu 2003 roku na wniosek Zarządu TPK uznano za użytek ekologiczny kolonię lęgową mewy śmieszki w otulinie parku, w rejonie wsi Bojano.
Ponadto Zarząd TPK zgłosił do Urzędu Miejskiego w Gdańsku wniosek o utworzenie użytku ekologicznego na śródpolnym torfowisku przejściowym koło ulicy Myśliwskiej w Gdańsku. Użytek ten został powołany w roku 2006 pod nazwą "Migowska Bielawa". Niestety wskutek niewłaściwego planowania przestrzennego Urzędu Miasta Gdańsk obszar użytku został obudowany przez osiedle mieszkaniowe i jest obecnie trudno dostępny. Celem utworzenia użytku była ochrona stanowisk: rosiczki okrągłolistnej, wełnianek: pochwowatej i wąskolistnej, a przede wszystkim turzycy bagiennej i brzozy karłowatej.
W marcu 2006 roku utworzono 5 użytków ekologicznych w północnym kompleksie parku: "Nowiński Moczar", "Szuwary Jeziora Wyspowskiego", "Wyspowska Łąka", "Miętowe Bagienko", "Okoniewko".
W listopadzie 2008 roku utworzono 4 kolejne użytki ekologiczne na obszarze Parku. Są to: "Żabno", "Sopieszyńska Młaka", "Borowe Oczko" oraz "Salwinia w Owczarni". Celem utworzenia tego ostatniego użytku była ochrona zbiorników wodnych, jako miejsc rozrodu płazów bezogonowych (żaby trawnej i żaby jeziorkowej). Ten niewielki użytek to również obszar występowania przeszło 20 gatunków ptaków, a przede wszystkim jedyne znane w Parku stanowisko występowania ciekawej wodnej paproci — salwinii pływającej (Salvinia natans).
29 grudnia 2011 roku uchwałą Nr XVIII/152/2011 Urząd Gminy w Szemudzie utworzył użytek ekologiczny "Okuniewskie Łąki". W 2010 i 2011 roku, dzięki zaangażowaniu pracowników i sympatyków Trójmiejskiego Parku Krajobrazowego przygotowano inwentaryzację awifauny oraz flory obszaru planowanego użytku oraz złożono formalny wniosek o jego utworzenie. Użytek został utworzony na obszarze 4,77 ha w obrębie wsi Kamień, na terenie zarządzanym przez Nadleśnictwo Gdańsk. 
Ciekawostką jest występowanie licznej populacji naszego jednego z najładniejszych gatunków pająków — tygrzyka paskowanego (Argiope bruennichi)
21 marca 2012 roku, uchwałą Rady Gminy Wejherowo został ustanowiony kolejny użytek ekologiczny "Łąka nad Zagórską Strugą" z bogatym stanowiskiem storczyka — stoplamka szerokolistnego (Dactylorhiza majalis).
Na granicy Parku położony jest użytek ekologiczny utworzony przez Urząd Miasta Gdańsk "Dolina Czystej Wody", który chroni siedliska hydrogeniczne, w tym podmokłe łąki ze stanowiskami storczyków oraz situ tępokwiatowego (Juncus subnodulosus) - najdalej na wschód położonego stanowiska tego gatunku w Europie.
Użytek jest położony w bezpośrednim sąsiedztwie ogródków działkowych, co skutkuje częstym zanieczyszczaniem jego obszaru odpadami wywożonymi przez użytkowników ogródków. Na obszarze użytku pojawiły się masowo gatunki roślin inwazyjnych np. rdestowców wypierających gatunki rodzime w wyniku zarastania ich siedlisk. Park zwracał uwagę na tę sytuację Wydziałowi Środowiska UM Gdańska, ale niestety bezskutecznie. Prośby o częstsze kontrole straży miejskiej pozostały również bez odpowiedzi.
W 2018 roku władze miasta Sopotu powołały użytek ekologiczny "Konwaliowe Wzgórze", którego celem jest zachowanie i ochrona stanowiska konwalii majowej (Convallaria majalis) oraz zbiorowiska świetlistej dąbrowy (Potentillo albae-Quercetum).