Użytek ekologiczny „Dolina Czystej Wody” utworzony został w 2006 roku w celu ochrony siedlisk hydrogenicznych i związanych z nimi zbiorowisk roślinnych oraz w szczególności ochrony stanowiska situ tępokwiatowego Juncus subnodulosus – najdalej na wschód położonego stanowiska tego gatunku w Polsce.
Jednym z istotnych zagrożeń dla walorów przyrodniczych użytku i utrzymania jego przedmiotu ochrony jest obecność inwazyjnych gatunków roślin obcego pochodzenia: rdestowca ostrokończystego Reynoutria japonica i rdestowca sachalińskiego R. sachalinensis.
Użytek zlokalizowany jest w sąsiedztwie ogrodów działkowych. Podobnie w sąsiedztwie ogrodów działkowych znajduje się rezerwat przyrody „Łęg nad Swelinią”, gdzie również zaobserwowano obecność rdestowca. W rezerwacie występowanie rdestowca notowane jest bezpośrednio przy drodze, w miejscu, gdzie zostały wyrzucone odpady zielone.
Dlatego w bieżącym roku na terenie użytku oraz rezerwatu w ramach czynnej ochrony zostały przeprowadzone działania, polegające na kilkukrotnym w ciągu sezonu wegetacyjnego wycinaniu rdestowców, połączone z usuwaniem i utylizacją biomasy. Działania te zapoczątkowane zostały w roku 2020 i będą kontynuowane w kolejnych latach.
Warto jednak pamiętać, aby planując swoje ogrody unikać wprowadzania do nich gatunków inwazyjnych, a tym bardziej wyrzucania odpadów zielonych poza granice swojego ogrodu działkowego. Koszty dla przyrody wykraczają poza granice ogrodów działkowych.
W 2023 r. zadanie realizowano ze środków WFOŚiGW w Gdańsku