Ponad 90% powierzchni TPK zajmują lasy. Z drzew rodzimych największe znaczenie w lasach parku mają: buk pospolity, dąb bezszypułkowy i szypułkowy, sosna zwyczajna, brzoza brodawkowata i omszona, olcha czarna, topola osika, wierzba iwa, jarzębina, grab zwyczajny i jesion wyniosły. Do mniej licznych drzew rodzimych należą m.in. lipa drobnolistna, klon zwyczajny i wiąz górski. Najbardziej rozpowszechnionym drzewem w parku jest sosna zwyczajna, która do niedawna była intensywnie sadzona dla celów gospodarczych, nieraz nawet na nieodpowiednich dla niej siedliskach. Bardzo często można też zobaczyć sztucznie tu wprowadzonego świerka pospolitego, gatunku mającego wyraźny wpływ na charakter krajobrazów leśnych. Rzadziej od niego spotykane drzewa obcego pochodzenia to m.in.: modrzew europejski i japoński, daglezja zielona, jodła pospolita, sosna amerykańska (wejmutka), klon jesionolistny.
Pod względem botanicznej klasyfikacji największy udział powierzchniowy w parku mają zbiorowiska kwaśnej buczyny niżowej. Mniejszy udział mają żyzna buczyna niżowa i lasy bukowo-dębowe. Niewielkie z reguły i rozproszone fragmenty terenu zajmują grądy, łęgi, bory bagienne i brzeziny bagienne. Szczególnie cennymi elementami środowiska w TPK są skąpożywne jeziora z florą lobeliową, torfowiska wysokie, wilgotne łąki, wysięki z roślinnością młak, ziołorośli i źródlisk, np. z rzadkim na niżu szuwarem manny gajowej o charakterze podgórskim, zaś ze zbiorowisk leśnych - podgórski łęg jesionowy. Do wartościowych obiektów należą też półnaturalne łąki kośne w dolinach, przyczyniające się do wzbogacenia krajobrazu i flory parku.
W szacowanej na około 850 gatunków florze naczyniowej parku stwierdzono ponad 40 gatunków podlegających ochronie gatunkowej, a także szereg innych godnych uwagi - rzadkich, reliktowych, górskich. Spośród nich 86 gatunków należy do zagrożonych na Pomorzu Zachodnim, a 23 zaliczone są do zagrożonych w Polsce. Są to: brzeżyca jednokwiatowa, elisma wodna, fiołek torfowy, jarząb szwedzki, jeżogłówka pokrewna, kosaciec syberyjski, kukułka Fuchsa, kukułka krwista, kukułka plamista, lobelia jeziorna, malina moroszka, podejźrzon marunowy, poryblin jeziorny, poryblin kolczasty, rosiczka długolistna, rosiczka okrągłolistna, rzęśl wielkoowockowa, salwinia pływająca, storczyk błotny, turówka leśna, turówka wonna, turzyca bagienna i wełnianeczka darniowa. Ciekawą grupę kilkunastu gatunków podgórsko-górskich reprezentują m.in. kokoryczka okółkowa, manna gajowa, podrzeń żebrowiec, przetacznik górski, świerząbek orzęsiony, tojad dzióbaty, tojeść gajowa, widłak wroniec, żebrowiec górski. Największą osobliwością florystyczną TPK jest stanowisko poryblinu kolczastego w jeziorach lobeliowych rezerwatu "Pełcznica", będące ostatnią realną ostoją tego gatunku na południe od Bałtyku.
Słabo znana jest w parku flora mszaków oraz glonów. Odnotowano 4 gatunki mszaków o górskim typie rozmieszczenia oraz kilka gatunków bardzo rzadkich mchów. W bardziej czystych potokach można zaobserwować na kamieniach charakterystyczne czerwone plamy, utworzone przez plechy dość rzadkiego na niżu górskiego krasnorostu (Hildenbrandia rivularis).
Dużo więcej wiemy o świecie grzybów i porostów. Dotąd stwierdzono w parku i okolicach blisko 600 gatunków grzybów wielkoowocnikowych, z czego blisko 45 figuruje na czerwonej liście grzybów wielkoowocnikowych zagrożonych w Polsce, w tym objęte ochroną ścisłą (soplówka jeżowata) i częściową (podgrzybek tęgoskórowy, smardz jadalny, żagwica okółkowa).
W wyniku przebadania na terenie TPK wybranych 30 głazów znaleziono 50 gatunków porostów naskalnych, w tym kilkanaście rzadkich i bardzo rzadkich na niżu. Na terenie parku są też liczne porosty nadrzewne i naziemne, których dokładnie jeszcze nie badano. Aktualnie wiemy o stwierdzeniu w parku co najmniej 35 gatunków porostów objętych ochroną ścisłą i 42 umieszczonych na czerwonej liście porostów zagrożonych w Polsce.
Od kilku lat czynione są coraz większe postępy w poznawaniu na obszarze parku przedstawicieli śluzowców, należących do bardzo odrębnej grupy organizmów.